המדינה היהודית העצמאית הייתה בת קצת יותר מ-75 שנה, שעה שמאבק פנימי עז התחולל בין שני פלגים מרכזיים בה: הצְדוקים, ששלטו בבית המקדש ובכֵס המלוכה, והפְּרוּשים, שביקשו לכונן יהדות שאינה קשורה למקדש, עסקו בלימוד תורה ובהנחלתה ומאסו בשלטונה של אצולת הכוהנים.

שלומציון השתייכה למשפחת פרושים נכבדה. אחיה, שמעון בן שטח, היה מגדולי החכמים וכיהן כנשיא הסַנְהֶדְרִין. הוא שנא את הצדוקים ולחם בהם, ובעיקר שנא את גיסו, המלך והכוהן הגדול הצדוקי אלכסנדר ינאי, שהיה נשוי לשלומציון.

בזמן שינאי היה עסוק במסעות מלחמה ובהרחבת הממלכה, חלְשה שלומציון על ענייני הפנים, קיבלה את הבאים לארמון וגם גידלה את שני בניהם: הוּרְקָנוֹס ואָרִיסְטוֹבּוֹלוּס. היא חזרה ואמרה לינאי שהעם לא איתו, אבל הוא התעלם מדבריה, ואחרי שהפרושים מרדו בו במהלך חג הסוכות ורגמו אותו באתרוגים, הוא דיכֵּא את המרד באכזריות בניגוד לעצותיה.

על ערש דווי קיבל ינאי החלטה גורלית. כך מתאר אותה יוסף בן-מתתיהו: "הוא השאיר את המלוכה בידי אשתו [...] מפני שרחקה מאכזריותו והתנגדה לפשעיו ולכן הצליחה לזכות באהדת העם. תקוותו לא נכזבה."

תשע שנים מלכה שלומציון מירושלים והביאה את המדינה היהודית החשמונאית לשגשוג, לרווחה ולביטחון שלא היו כמותם מאז ימי שלמה המלך. היא חיזקה את הצבא ובו-בזמן כרתה בריתות עם הממלכות השכנות, הצטיינה בניהול הממלכה, והאוצרות התמלאו: "בימי שלמצה המלכה היו גשמים יורדים [...] עד שנעשו חִטים ככליות ושעורים כגרעיני הזיתים ועדשים כדינרי זהב ובצרו מהם חכמים והניחום לדורות הבאים," מעיד המדרש. שלומציון החזירה את הפרושים למעמדם והקימה מחדש את הסנהדרין.

לפני מותה ציוותה שלומציון על בניה לשמור על האוצרות הגדולים שהותירה ולהשתמש בהם בתבונה, אך הקרב על הירושה ועל הכבוד החל עוד בחייה. אריסטובולוס, הבן הצעיר, מינה את עצמו למלך בניגוד לצוואתה, והאחים נלחמו זה בזה במשך ארבע שנים ובסופן פנו לפּוֹמְפֵּיוּס, המצביא הרומי, והגישו לו את השליטה בירושלים ואת המדינה היהודית העצמאית על מגש של כסף.